La Auditoría Superior de la Federación señaló al Instituto Nacional de Migración desde 2018 por falta de protocolos, metodología, capacitación y posible desvío de recursos, pero omitieron cualquier acto contra la dependencia.

En dichas últimas cinco auditorías sumó el organismo de la Secretaría de Gobernación observaciones por el gasto de recursos en servicios ineficientes e incompletos.

El problema del hacinamiento se indicado desde 2018, cuando refirieron que la mitad de las estaciones migratorias estaban sobreocupadas.

También desde ese año puntualizaron la falta de documentación que acreditara la prestación de servicios de vigilancia, así como mantenimiento en los edificios.

Advirió la ASF posibles daños al erario; desvíos de recursos, por unos 401 millones de pesos.

En 2019, acusaron que el Manual de Organización General y el Específico del INM está desactualizado desde 2014.

La revisión a la cuenta pública de 2020 reportó más posibles desvíos por 143 millones de pesos por contratos con empresas tecnológicas, que fueron pagadas a sobreprecio, las cuales brindan operaciones que «no tienen relación con la prestación de los servicios proporcionados al INM».

La última auditoría, de 2022, advirtieron que el plan estratégico del INM no se relaciona con los objetivos nacionales ni especifica el método para lograr los objetivos en materia migratoria. Esto ocurre mientras que los anteriores problemas no se resuelven aún.